Historia ya kuanzishwa kwa JKU mwaka 1977 imetokana na chimbuko la kambi za umoja wa vijana zilizokuwa na lengo la kuwaunganisha vijana wote wa Unguja na Pemba bila ya kujali dini, rangi, kipato au kabila zao. Kambi hizi za vijana zilikuwa chini ya chama cha Afro Shirazy party ambapo mnamo tarehe 03 Mar 1965 zilizinduliwa rasmi kufuatia agizo la rais wa Zanzibar marehemu Mzee Abeid Amani karume.
Mafunzo yaliyotolewa ndani ya kambi za vijana yalikuwa ni kilimo, ufugaji, majenzi, ufundi, ukakamavu, uzalendo, elimu ya siasa, utamaduni na michezo. Kambi za vijana zimefanikiwa kuweka umoja wa kitaifa, kukuza uzalendo, kujituma na kufanya kazi za amali, kushiriki kikamilifu katika kazi za ujenzi wa Taifa, kutambua mbinu ulinzi wa Taifa, kukuza uchumi na pato la Taifa. Katika kambi za vijana kulikuwa na matatizo ya udhaifu wa majengo katika makambi, nyenzo duni za kutendea kazi, ufinyu wa miundombinu, uchache wa huduma za afya na kutokuwepo sare za pamoja.
Jeshi la Kujenga Uchumi lilianzishwa baada ya Mhe. Al-haji Aboud Jumbe Mwinyi Rais wa pili wa Zanzibar kupata mvuto baada ya kuhudhuria mafunzo katika kambi ya JKT Ruvu alipohudhuria operation kazi B mwaka 1968. Baada ya ziara ya viongozi wa JKT Serikali ya Mapinduzi ya Zanzibar ilipopata uamuzi wa kuzibadili kambi za vijana kuwa JKU, na ilipofika tarehe 03 Mar 1977 JKU ilianzishwa.
Muundo wa awali wa JKU ulipangwa kwa Idara za utawala na fedha, mafunzo, kilimo, ufundi na ujenzi. Makambi yalipangwa kimuundo wa Jeshi. Mwaka 1979 JKU ilitiwa nguvu kisheria kwa Sheria namba 5 ya mwaka 1979. Baada ya sheria hii vijana wa makambini walipangwa kimuundo na kupewa vyeo kijeshi.
Madhumuni ya kuanzishwa JKU ni kuwafunza vijana wa Zanzibar kulihudumia Taifa lao katika kuwapatia mafunzo ya msingi ya kujiendeleza kwenye shughuli za kilimo, viwanda, uvuvi, elimu ya uraia, utamaduni, michezo, ulinzi wa Taifa na kazi nyengine za amali. Pamoja na kutekeleza jukumu lake la msingi pia inatoa huduma za jamii kamaviele afya, kusaidia upatikanaji wa huduma ya maji safi, usafi na utunzaji wa mazingira, elimu ya Ufundi na sekondari.
Muundo wa sasa wa JKU ni Rais wa Zanzibar anakuwa kamanda mkuu wa JKU, anayefuatia ni Waziri wa Nchi (OR) Tawala za Mikoa na Idara maalum za SMZ, anayefuatia ni Mkuu wa JKU, anayefuatia ni Mkuu wa Utawala wa JKU, wakuu wa maidara ya JKU, wakuu wa Zoni, wakuu wa vikosi, wakuu wa kambi, wakuu wa vyuo na vituo.
Kwa upande wa uhusiano na taasisi nyengine, Jeshi la Kujenga Uchumi lina uhusiano mzuri na Idara zote za Serikali, taasisi za kiraia pamoja na taasisi za ulinzi na usalama za SMZ na SMT. Sambamba na hilo JKU na JKT zimekuwa zikikuza na kuendeleza udugu wao wa asili.
Majukumu ya Msingi (core function) ya JKU.
Jeshi la Kujenga Uchumi pamoja na kazi nyengine zilizoainishwa katika sheria lina majukumu ya msingi yafuatayo:

1. Kuwafundisha vijana wa Zanzibar kulihudumia Taifa lao na kuwatumia vijana hao katika kuwapatia mafunzo ya msingi ya kujiendeleza katika shughuli za kilimo, viwanda, uvuvi, ufundi na kazi za amali. Kuwafunza elimu ya uraia. Kuwafunza na kushiriki katika shughuli za maendeleo ya kijamii na utamaduni na Ulinzi wa Taifa


2. Kushirikiana na Jeshi la Wananchi wa Tanzania (JWTZ) na Jeshi la Polisi kwa Ulinzi wa nchi na raia na mali zao pale inapohitajika.


3. Kutoa huduma za ulinzi kwa taasisi, kampuni na mashirika ya SMZ au SMT pamoja na yale ya binafsi au sehemu zilizo nyeti kwa usalama wa Taifa.

Dira ya JKU Ni kuratibu, kusimamia na kuendesha mafunzo endelevu hivyo basi kupitia JKU vijana wa Zanzibar waweze kujengeka kiuzalendo, kujitegemea na kujiamini.
Dhamira ya JKU Ni kuchangia kuimarisha uchumi kwa kutoa mafunzo ya uzalishaji, ufundi na kazi za amali, mila na utamaduni na uzalendo.